Em vinte e seis anos de série, os escritores, diretores e figurinistas do programa desenvolveram uma mitologia invejável do Doutor, sua raça e seus vilões. Estarão listados abaixo os arcos que envolvem os principais seres da mitologia de Doctor Who.
029 - O Décimo Planeta*
033 - A Base Lunar*
037 - A Tumba dos Cybermen
043 - A Roda no Espaço*
046 - A Invasão*
079 - Vingança dos Cybermen
121 - Cataclismo
137 - Ataque dos Cybermen
150 - Nêmesis Prateada
002 - Os Daleks
010 - A Invasão Dalek da Terra
016 - A Perseguição
019 - Missão ao Desconhecido*
021 - O Plano Mestre dos Daleks*
030 - O Poder dos Daleks*
036 - A Maldade dos Daleks*
060 - Dia dos Daleks
068 - Planeta dos Daleks
072 - Morte aos Daleks
078 - Gênese dos Daleks
104 - Destino dos Daleks
133 - Ressurreição dos Daleks
142 - Revelação dos Daleks
148 - Recordação dos Daleks
055 - O Terror dos Autons
056 - A Mente do Mal
057 - As Garras de Axos
058 - Colônia no Espaço
059 - Os Demônios
062 - Os Demônios Marinhos
064 - O Monstro do Tempo
067 - Fronteira no Espaço
088 - O Assassino Mortal
114 - O Guardião de Traken
115 - Logopolis
116 - Castrovalva
122 - Voo Temporal
128 - Os Demônios do Rei
134 - Planeta de Fogo
139 - A Marca da Rani
143D - O Inimigo Definitivo
155 - Sobrevivência
156 - O Filme
050 - Os Jogos de Guerra
058 - Colônia no Espaço
065 - Os Três Doutores
084 - O Cérebro de Morbius
088 - O Assassino Mortal
097 - A Invasão do Tempo
123 - Arco do Infinito
129 - Os Cinco Doutores
140 - Os Dois Doutores
143A - O Planeta Misterioso
143B - Confusão Mental
143C - Terror dos Vervoids
143D - O Inimigo Definitivo
